Latvijas Okupācijas muzejs iepazīstina ar Latvijas piecdesmit gadu okupācijas (1940–1991) vēsturi: Pirmo padomju okupāciju (1940–1941), nacionālsociālistisko vācu okupāciju (1941–1944/45) un otro padomju okupāciju (1944/45–1991). Muzeja ekspozīcija vēsta par dzīvi Latvijā šo triju okupāciju laikā: par okupāciju varu politiku, par padomju un nacistu teroru, Latvijas valsts saimniecības sagrāvi un totalitāro padomju un nacistu ideoloģiju kultūras politiku, par Latvijas iedzīvotāju pretestību okupācijas varām līdz neatkarīgas Latvijas valsts atjaunošanai 1991. gadā.

Muzeja apmeklētāji var iepazīties ar vēsturiskiem dokumentiem, fotogrāfijām un priekšmetiem, kas liecina par okupācijas varu politiku Latvijā. Daudzi no eksponātiem vēsta par okupācijas varu teroru pret Latvijas iedzīvotājiem (piemiņas lietas no ieslodzījuma vietām un izsūtījuma). Citi par tautas pretestību svešajām varām (partizānu cīņām, nacionālās pretestības grupu darbību, latviešu tautas kultūras vērtību saglabāšanu).

Ekspozīcijas ievaddaļa vēsta par Latvijas okupācijas priekšvēsturi: Padomju un nacistu totalitāro režīmu sadarbību, noslēdzot 1939. gada 23. augustā Molotova-Ribentropa paktu un sadalot ietekmes sfērās Austrumeiropas zemes. Tālāk muzeja apmeklētāji var iepazīties ar Latvijas vēsturi pirmās padomju okupācijas laikā (1940–1941), vācu okupācijas (1941–1944/45) un otrās padomju okupācijas laikā (1944/45–1991). Ekspozīcijas noslēguma daļa rāda tautas cīņu par Latvijas valsts atjaunošanu 1980. gadu beigās un neatkarības atgūšanu 1991. gadā. Muzeja ekspozīcija aplūko arī latviešu dzīvi trimdā okupācijas gados (glābjoties no okupācijas varu terora ap 200 000 Latvijas iedzīvotāju devās bēgļu gaitās uz Rietumvalstīm), viņu kultūras dzīvi un ieguldījumu cīņā par neatkarīgas Latvijas valsts atjaunošanu.